Museo Naval. Se encuentra en la Capitanía de la Glorieta de Ilo.
Visitas: L-V 8:00-15:00.
En su interior se exhiben piezas de gran valor histórico de la Guerra del Pacífico, reliquias de navegación marina y antiguos manuscritos del Almirante Miguel Grau.

Museo Algarrobal. Ubicada en El Algarrobal s/n (10 minutos del puerto en auto).
Se exhiben diversos objetos de la cultura Chiribaya, tales como vistosos ornamentos en cuarzo lechoso, cerámica y hermosos diseños de su florido arte textil (fardos funerarios).

Museo Contisuyo. Se localiza en la Calle Tacna 294. Tel. (053) 76-1844. Visitas: L-D 9:00-13:00 y 14:30-17:30 / Ma 9:00-12:00 y 16:00-20:00.
Construido en 1994 dentro de las ruinas de lo que fuera la iglesia matriz Santa Catalina de Alejandría.
En el museo se exhiben piezas de cerámica, textiles, objetos de oro y plata y otros testimonios de las culturas Wari y Tiahuanaco, así como objetos de las culturas locales Chiribaya, Tumilaca y Estuquiña, pueblos preíncas que se asentaron en los valles de Moquegua e Ilo.

Museo Regional de Moquegua (INC) Ex Centro de Reclusión. Se ubica en el Jr. Ayacucho cdra. 5- Plaza de Armas. Visitas: L-V 8:00-16:30.
Existen documentos que confirman su existencia ya en 1762 como lugar de reclusión de rebeldes indios o negros de la época. Funcionó como tal hasta 1985, fecha en la que se construyó el penal de San Ramón en Samegua. Su arquitectura es de piedra calcárea y es una de las pocas edificaciones que mantiene una bóveda de medio punto desde el ingreso o zaguán. Los ambientes fueron restaurados y se han recuperado los pisos originales, ventanas que se encontraban tapiadas, puertas, rejas metálicas y los colores tradicionales.